Η Μονάδα Κρατικών Ενισχύσεων (ΜοΚΕ) συστάθηκε και λειτουργεί από 1.1.2002 στο Κέντρο Διεθνούς και Ευρωπαϊκού Οικονομικού Δικαίου (ΚΔΕΟΔ) στη Θεσσαλονίκη. Σκοπός της είναι η συνδρομή της δημόσιας διοίκησης για την ορθή εφαρμογή των ενωσιακών κανόνων κρατικών ενισχύσεων.

Ειδικότερα, βάσει του ν. 4152/2013, η ΜοΚΕ συνεπικουρεί το ελληνικό δίκτυο ελέγχου κρατικών ενισχύσεων που ελέγχει τα νομοσχέδια και τις λοιπές πράξεις για πιθανή ύπαρξη κρατικών ενισχύσεων, και ειδικότερα την Κεντρική Μονάδα Κρατικών Ενισχύσεων του Υπουργείου Οικονομικών (ΚεΜΚΕ), την Ειδική Υπηρεσία Κρατικών Ενισχύσεων (ΕΥΚΕ) που είναι η Αποκεντρωμένη Μονάδα του Υπουργείου Οικονομίας & Ανάπτυξης, καθώς και τις λοιπές Αποκεντρωμένες Μονάδες Κρατικών Ενισχύσεων (ΑΜΚΕ) των άλλων Υπουργείων.

Η ΜοΚΕ συνδράμει, ιδίως, την ΚεΜΚΕ και τις ΑΜΚΕ ως προς την ερμηνεία των προϋποθέσεων της έννοιας της ενίσχυσης (άρθρα 107-109 ΣΛΕΕ) και των κανόνων συμβατότητας και διαδικασίας, που περιλαμβάνονται στα νομοθετικά κείμενα της Επιτροπής (Κατευθυντήριες Γραμμές, Κανονισμούς, Πλαίσια κλπ.), τα οποία, αφενός, είναι πολυάριθμα και αφορούν ποικίλους τομείς και, αφετέρου, αναθεωρούνται διαρκώς από την Επιτροπή, για να προσαρμόζονται στις εξελίξεις των αγορών και την κατάσταση του ανταγωνισμού. Για την ερμηνεία αυτή, η ΜοΚΕ διερευνά και εφαρμόζει τόσο την πρακτική που η Επιτροπή συνηθίζει να ακολουθεί σε παρόμοιες περιπτώσεις ενισχύσεων όσο και τις δικαστικές αποφάσεις του Δικαστηρίου της Ευρωπαϊκής Ένωσης (ΔΕΕ) και του Γενικού Δικαστηρίου της ΕΕ.